Le Phragmite aquatique (Acrocephalus paludicola) est un enjeu de conservation majeur en Europe et en France. C’est un migrateur transsaharien qui se reproduit dans les marais des zones tempérées du nord-est de l’Europe et hiverne dans les zones humides ouest africaine. Jusqu’au début du XXème siècle, l’espèce était largement répandue en Europe. Puis au cours du XXème siècle le déclin s’amorce et s’accélère. Actuellement, l’espèce se reproduit uniquement en Europe de l’Est : Biélorussie, Ukraine, Pologne et Lituanie.

La France accueille la totalité ou presque de la population mondiale en migration post-nuptiale. Cela confère à notre territoire un rôle majeur dans la conservation de l’espèce. Dans ce contexte, le ministère de l’Écologie a choisi de mettre en place un Plan National d’Actions en sa faveur, afin de lui assurer un réseau satisfaisant de sites de haltes migratoires.

Au cours de la halte migratoire, le phragmite fréquente différents types de marais, mais plus particulièrement les marais littoraux et prés-salés.

L’estuaire de la rivière de Noyalo abrite des habitats favorables à l’escale migratoire du Phragmite aquatique, principalement le long de la rive orientale : roselières à roseau commun, petites roselières à scirpe maritime, moyens et hauts schorres. De rares s observations opportunistes ont été réalisées au cours des 10 dernières années, mais la fonction du site comme escale migratoire n’est pas caractérisée.

Le protocole standardisé du Muséum National d’Histoire Naturelle a été mis en place pendant 10 jours en août par François Hémery, garde technicien à la Réserve naturelle des marais de Séné, dans une roselière bordant un pré-salé sur la commune de Theix-Noyalo. Ce protocole consiste à réaliser de la capture en vue du baguage pendant 10 matinées.